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Un contingent militaire provenant de la Terre est envoyé pour prendre les commandes d'Atlantis et défendre la cité de l'attaque imminente des Wraith. Un combat de longue haleine engage les forces militaires commandées par le Colonel Everett, qui exige du docteur Weir et de sa flotte une entière obéissance. Ce tour de force est mal vécue par le contingent d'Atlantis et notamment par le major Sheppard, qu'Everett tient pour responsable de la mort de son supérieur. Dans un climat de guerre, les relations tendues entre les différentes hiérarchies n'arrangent pas la coordination des opérations—